"Men ytterligare disciplinära åtgärder mot mig kan dra ut i månader eller till och med år, och ta uppmärksamhet från Jeremys politik", skriver han i ett uttalande.
"Jag lämnar därför, med stor sorg, Labourpartiet", fortsätter han.
En ny fas i den disciplinära processen mot Livingstone skulle börja den här veckan. I förra veckan kom uttalanden från högt uppsatta partikamrater som tydde på att partiledningen tagit sin hand ifrån honom.
Livingstone vägrar medge antisemitism, men beklagar att hans uttalande väckt upprördhet i landets judiska befolkningsgrupp.
Corbyn säger att det är en sorglig stund men att Livingstone gör rätt som avgår.
Livingstone uteslöts ur partiet i samband med valet 2000 då han valdes som oberoende kandidat efter att partiet inte stött honom men han återfick sitt medlemskap inför valet 2004.
Fakta: Ken Livingstone
- Den 73-årige socialisten Ken Livingstone, kallad "Röde Ken", är uppvuxen i södra London och var lärare innan han blev politiker på heltid.
- 1981–86 ledde han Londons forna stadsfullmäktige, och 2000 valdes han till borgmästare som oberoende.
- Livingstone sparkades då ut ur partiet men togs in igen – trots hård kritik mot Labours Irakpolitik – 2004 kort innan han återvaldes som huvudstadens borgmästare.
- Han var borgmästare fram till 2008, när han förlorade valet mot konservative Boris Johnson, som satt kvar till 2016 och som i dag är landets utrikesminister. (TT)