Efter en valkampanj präglad av våld skakades Afghanistan av flera blodiga attacker under valdagen, samtidigt som administrativa problem ledde till långa väntetider.
FN-organet Unama beskriver det som hoppfullt att så pass många människor ändå gick och röstade.
"De väljarna förtjänar att beröm för att ha uppfyllt sina medborgerliga plikter", skriver Unama i ett uttalande.
"De röstberättigade väljare som inte kunde lägga sina röster, på grund av tekniska problem, förtjänar möjligheten att rösta."
Totalt var nio miljoner människor röstberättigade inför lördagens val. De som inte lyckats rösta kan besöka 401 vallokaler som håller extraöppet under söndagen med hjälp av 500 extrainkallade valarbetare.
Valdeltagandet har varit högst i storstäderna, med drygt en miljon röstande i huvudstaden Kabul. På landsbygden var dock uppslutningen svag, uppger observatörsorganisationen Afghanistans stiftelse för transparenta val för nyhetsbyrån Reuters.
Beslutet att förlänga valet innebär risker
– Det öppnar möjligheten för fusk, säger stiftelsens chef Naim Ajubzada, och varnar för att valurnor i en del vallokaler fått stå kvar öppet under natten.
Valet i provinsens Kandahar är sedan tidigare framflyttat en vecka på grund av mordet på de inflytelserika polischefen Abdul Raziq. Även i provinsen Ghazni har valet skjutits upp, på grund av oenighet kring representationen av olika etniska grupper.
Valresultatet väntas bli offentliggjort tidigast om drygt två veckor.