Markkanen satte in 17 poäng i första halvlek och var lagets bästa poängplockare.
Markkanen, som också tog åtta returer i matchen, lovordades av tränaren Fred Hoiberg.
– Att han tar ansvar och spelar som han gör är fantastiskt. Killen är inte rädd för någonting och växer med uppgiften i varje match. Han har alla kvaliteter för att bli en superstjärna i NBA, sade Hoiberg efter matchen.
Chicago fortsätter säsongen med att möta Orlando Magic natten till lördag.
Hittills har Chicago förlorat fem matcher och vunnit en.
Matchfakta
- Miami–Chicago 97–91
- Lauri Markkanen: gjorde 25 poäng, tog åtta returer, gav en assist.