Angreppet skedde i fredags i provinsen Tanganyika, skriver FN i ett uttalande. De saknade är medborgare ifrån Benin.
De övriga elva soldater som färdades i kolonnen befinner sig i säkerhet.
Monusco är FN:s största fredsbevarande styrka och har funnits sedan 1999. Den består i dag av över 16 000 soldater, 660 militära observatörer och 1 450 poliser.
Regeringen i Kongo-Kinshasa vill att FN-styrkan ska lämna landet 2020.
Utrikes
16.5.2018
FN-soldater saknas i Kongo-Kinshasa
Två soldater ur FN:s fredsbevarande styrka Monusco saknas sedan den kolonn de färdades i, i sydvästra Kongo-Kinshasa, attackerats.