Staden är den fjärde största i landet, och har omkring en halv miljon invånare.
"Situationen är fruktansvärd. Förstörelsens omfattning är enorm", skriver LeSueur och tillägger att situationen utanför staden kan vara ännu värre.
Damm brast
I söndags brast en stor damm och skar av den sista förbindelsen till staden, enligt IFRC.
Cyklonen drog in i förra veckan, och innan dess hade landet drabbats av kraftigt regn med översvämningar som följd.
Myndigheterna har tidigare angivit antalet bekräftade döda under måndagens oväder i Moçambique till mellan 84 och 89.
Men även president Filipe Nyusoi beskriver nu omfattningen av katastrofen som enorm och säger att han själv sett kroppar flyta i floderna när han flugit över den drabbade regionen i landet.
"Kommer stiga kraftigt"
Han säger i ett tal till nationen att antalet omkomna kommer att stiga kraftigt, rapporterar nyhetsbyrån Reuters.
– Allt tyder på att över 1 000 människor kommer att konstateras döda, säger Nyusoi enligt nyhetsbyrån AFP.
AFP rapporterade tidigare att 138 människor har omkommit i Moçambique och grannlandet Zimbabwe. Enligt tidigare FN-uppgifter har över 100 personer mist livet i översvämningar de senaste veckorna i Moçambique och Malawi. IFRC uppger att minst 100 personer saknas i Zimbabwe. Organisationen bedömer att antalet bekräftat omkomna kommer att stiga.