Ett av tillslagen genomfördes av säkerhetsstyrkor mot en lägenhet där bomber tillverkats. Skottlossning utbröt och sju misstänkta dödades. Gruppen har kopplingar till Muslimska brödraskapet, enligt departementet.
Fem andra misstänkta jihadister dödades i en skottväxling vid ett annat tillslag, mot extremistgruppen Hasm.
Vapen och ammunition beslagtogs i båda lägenheterna.
I uttalandet kopplas tillslagen inte till söndagens attack mot en turistbuss i närheten av pyramiderna i Giza där fler än tio personer skadades.
Utrikes
20.5.2019
Tolv döda i polistillslag i Egypten
Tolv misstänkta jihadister har dödats i två polistillslag nära Egyptens huvudstad Kairo, uppger landets inrikesdepartement i ett uttalande.