Omräkningen sker sedan oppositionen kommit in med sammanlagt 147 klagomål om fusk.
Valmyndigheten, som måste meddela resultatet inom åtta dagar efter valet, avbröt uppdateringen av det preliminära resultatet i fredags.
När 75 procent av rösterna hade räknats ledde sittande presidenten Peter Mutharika över oppositionens kandidat Lazarus Chakwera.
Chakwera vände sig till domstol efter påstådda oegentligheter i 10 av landets 28 distrikt under valet i tisdags. EU:s observatörer har dock beskrivit valet i södra Afrika som transparent och väl genomfört.
Utrikes
25.5.2019
Röster räknas på nytt efter val i Malawi
Högsta domstolen i Malawi har beordrat valmyndigheten att inte presentera det slutgiltiga resultatet av presidentvalet förrän omkring en tredjedel av valkretsarnas röster räknats om.