Mutharika fick 38,5 procent av rösterna i valet som hölls i tisdags förra veckan. Det är ett marginellt högre stöd än det som förde 78-åringen till makten i valet 2014.
Hans främste utmanare Lazarus Chakwera fick 35,4 procent.
I helgen beslutade den malawiska valmyndigheten att inte tillkännage något valresultat förrän rösterna räknats om i tio av landets 28 distrikt. Detta sedan oppositionen anmält 147 fall av fusk.
Inför valet svajade president Mutharikas popularitet på grund av livsmedelsbrist, strömavbrott och skenande statsskulder.
Utrikes
27.5.2019
Sittande presidenten vinner i Malawi
Malawis president Peter Mutharika vinner nätt och jämnt valet i Malawi, meddelar landets valkommission.