Paratriathlon-tävlingen stötte på ytterligare problem under tävlingsdagen då simningen ställdes in på grund av för höga bakteriehalter i vattnet. Tester visade att mängden E.coli-bakterier var dubbelt så hög än vad som får vara i vattnet, varpå tävlingsledarna ställde in.

I stället fick de 70 paratriathleterna tävla i en duathlon innehållande två löpdelar och en cykeldel.

Tidigare i veckan anordnades även en tävling i triathlon som präglades starkt av värmen i Tokyo. Den avslutande löpdelen halverades då från tio till fem kilometer på grund av den extrema värmen, och simningen var nära att kortas ner eller skrotas på grund av vattentemperaturen. Enligt reglerna får det inte vara varmare än 30,9 grader. Vattnet i Tokyo uppmätte 30,3.