Beslutet kommer dagen efter att åklagare rekommenderade att lägga ner fallet och drygt en månad efter att polisutredningen avslutades på grund av brist på bevis. En företrädare för den brasilianska domstolen sade till AFP att domaren valde att gå på åklagarnas linje och därmed krävde att fallet skulle läggas ner.
"Jag ska inte säga att jag är glad, men jag är lättad", skriver Neymar på sitt Instagramkonto.
Neymar har hela tiden förnekat anklagelserna om att han ska ha våldtagit en kvinna på ett hotell i Paris i maj.