Det skriver presidentens kansli i ett pressmeddelande på söndag kväll.
Enligt meddelandet berörde samtalet den situation som uppstått efter nervgasattacken mot en tidigare rysk spion och hans dotter i Salisbury i England den 4 mars. Även en engelsk polis kom till skada i händelsen.
Brittiska myndigheter har pekat ut Ryssland som ansvarig för attacken. Som reaktion på attacken utvisade Storbritannien för en vecka sedan 23 ryska diplomater. Ryssland har förnekat inblandning i händelsen.
Ett flertal EU-länder, bland dem Finland, överväger nu straffåtgärder mot Ryssland.
I torsdags talade president Niinistö i telefon med Rysslands president Vladimir Putin.
Då gällde samtalet internationell säkerhet och strategisk stabilitet men Niinistö framförde också sin oro över attacken i England och sade bland annat att det är nödvändigt att Ryssland medverkar till att saken blir uppklarad.
Presidentens samtal med Merkel på söndagen skedde på Finlands initiativ skriver presidentens kansli i sitt pressmeddelande.
Inrikes
25.3.2018
Niinistö diskuterade nervgasattacken i England med Merkel
President Sauli Niinistö ringde på söndagen Tysklands förbundskansler Angela Merkel.