Barriären, som väntas vara klar i slutet av året, sägs vara den första i sitt slag i världen. Den byggs från stranden Zikim, några kilometer norr om Gaza vid Medelhavskusten.
"Detta är ytterligare ett slag mot Hamas, som förlorar ännu en strategisk möjlighet i vilken organisationen investerat stora summor", heter det i ett uttalande av försvarsminister Avigdor Lieberman.
Under det senaste Gaza-kriget 2014 dödade israelisk militär fyra Hamas-medlemmar som tagit sig in i Gaza från havet.
Beskedet om havsbarriären kommer samtidigt som Israel förstärker gränsstängslet mot den blockerade palestinska enklaven, bland annat med en underjordisk barriär som ska stoppa tunnelbyggen.
Utrikes
27.5.2018
Israel bygger befäst vågbrytare
Israel har börjat bygga en pir som ska hindra intrång i Gaza-remsan från havet. Den nya barriären blir enligt israeliska försvarsdepartementet "omöjlig att forcera", i praktiken en befäst vågbrytare försedd med taggtråd.