Sex barn och tre kvinnor som befann sig i huset dödades i explosionen. Ytterligare tre män sköts till döds utanför huset. Enligt polisen bar även de på självmordsbomber.
– Elden besvarades och styrkorna stormade tillhållet där en stor gömma av sprängmedel har förvarats, säger Sumith Atapattu i ett uttalande.
Bombgömma upptäckt
Tillslaget gjordes efter ett tips och har kopplingar till massakrerna på påskdagen, när självmordsbombare attackerade kyrkor och hotell på Sri Lanka.
Enligt militärens talesperson Sumith Atapattu var personerna medlemmar i extremistgruppen National Tawhid Jamaat (NTJ) som misstänks vara en av terrorrörelserna bakom sprängdåden under påskhelgen.
President Maithripala Sirisena meddelade på lördagen att NTJ och extremiströrelsen Jammiyathul Millathu Ibrahim förbjuds att verka i landet.
I ett annat hus i samma område, som också uppges vara ett av terroristernas gömställen, hittades tusentals kulor, sprängdeg och material för att tillverka bomber.
Striderna ska ha pågått i mer än en timme och sammanlagt 15 personer dödades i räden. Ingen militär eller polis ska ha skadats. Sex av de döda var barn, uppger en talesperson för militären.
Ett barn som hamnade i skottlinjen skadades och fördes till sjukhus. En kvinna skadades också.
IS-flagga hittad
IS har tagit på sig påskhelgens attack som tog 253 liv och skadade runt 500 personer. Det skulle innebära att dådet är det största terrordåd som IS utfört utanför Irak och Syrien. Än finns inga bevis för att IS verkligen låg bakom attacken.
Polisen uppger att man hittat den IS-flagga som användes i en film som terrorrörelsen publicerade efter attacken och där NTJ:s grundare Mohamad Zahran Hashim medverkar.
Mohamad Zahran Hashim sprängde sig själv till döds tillsammans med en annan man på hotellet Shangri-La under påskhelgen. Dna har analyserats som visar att det var han, meddelade president Sirisena i fredags.
Enligt en släkting till Hashim är den skadade flickan och den skadade kvinnan dotter respektive hustru till terrorledaren.
Hashims chaufför har också gripits.
Varnar för bombdåd
Oron för nya attentat i Sri Lanka är stor. Muslimer har flytt sina hem i rädsla för hämndattacker och religiösa ledare har uppmanat troende att inte samlas vid kyrkor eller moskéer.
Ärkebiskop Malcolm Ranjith i staden Colombo uppger att han sett hemliga dokument som läckt från säkerhetstjänsten som varnar för nya attacker mot kyrkor. Ranjith säger att det inte kommer att hållas några katolska mässor någonstans i landet under söndagen. (TT-Reuters-AFP)