Militären skriver i ett pressmeddelande att beslutet grundar sig i att Unicef tränar spioner som stöder den terrorstämplade jihadiströrelsen Boko Haram.
"Vi har trovärdiga uppgifter om att några av dem deltar i osunda aktiviteter som kan ytterligare riskera kriget mot terrorism och uppror", lyder pressmeddelandet.
Unicef har ännu inte kommenterat anklagelsen.
Minst 27 000 människor har dödats och 1,8 miljoner har drivits på flykt i konflikten mellan Boko Haram och Nigerias regering som rasat sedan 2009.
Striderna har lett till en humanitär katastrof i Tchadsjöregionen, där Boko Haram har trappat upp attackerna under de senaste månaderna.
Utrikes
14.12.2018
Nigeria sparkar ut Unicef från orolig region
Nigerias militär sparkar ut FN:s barnfond Unicef från de krigshärjade nordöstra delarna av landet.